Нужно переделывать обязательно! Поставщик должен выписать корректировочный счет-фактуру на уменьшение (статья 412 НК). Нельзя просто оставить старый СФ с неправильной суммой — это нарушение, при проверке налоговая снимет ваш входящий НДС 1,6 млн за несоответствие реальной сделке. Поставщик выписывает корректировочный СФ с отрицательными значениями: −1 млн оборот, −160 тыс НДС. Вы принимаете этот корректировочный СФ, уменьшаете свой входящий НДС в текущей декларации на 160 тыс, возвращаете поставщику 160 тыс переплаты.
Процедура: Поставщик в своей декларации уменьшит начисленный НДС (подпункт «корректировка»), вы в своей декларации уменьшите входящий НДС (также корректировка). Старый СФ на 10 млн остается в учете, но корректируется новым документом. Нельзя просто удалить старый СФ и выписать новый на 9 млн — это неправильно по методологии, нужен именно корректировочный. Срок исправления не ограничен, но чем быстрее — тем лучше.
Статьи НК: 412 (корректировка счетов-фактур), 406 (выписка электронных СФ), 488 (декларация по НДС)